2003ലെ രണ്ടാം മാറാട് കേസ് നിലവില്‍ സംസ്ഥാന പൊലീസിന്റെ ക്രൈം ബ്രാഞ്ചാണ് അന്വേഷിക്കുന്നത്. പലതവണ കേസില്‍ സിബിഐ അന്വേഷണം ആവശ്യപ്പെട്ടുള്ള മുറവിളികളുണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും പലഘട്ടത്തില്‍ അത് മുടങ്ങുകയായിരുന്നു. കേസ് ഇന്ന് പരിഗണിക്കവെ ഇത് ഒരു സാധാരണ കേസായി കണ്ട് തള്ളിക്കളയാന്‍ കഴിയില്ലെന്ന് ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് അധ്യക്ഷനായ ഡിവിഷന്‍ ബെഞ്ച് നിരീക്ഷിച്ചു. ഒന്നാം മാറാട് കലാപത്തിന്റെ തുടര്‍ച്ചയായി നടന്ന ഒരു കലാപം മാത്രമായി ഇതിനെ കാണാന്‍ കഴിയില്ലെന്നും കോടതി ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. സംഭവത്തെക്കുറിച്ച് ജുഡീഷ്യല്‍ അന്വേഷണം നടത്തിയ ജസ്റ്റിസ് തോമസ് പി ജോസഫ് കമ്മീഷനും കേന്ദ്ര ഏജന്‍സിയുടെ അന്വേഷണമാണ് ശുപാര്‍ശ ചെയ്തിരുന്നത്. ഇതിനു പുറമേ കേന്ദ്ര രഹസ്യാന്വേഷണ ഏജന്‍സികളായ റോ, ഐ.ബി എന്നിവയും സംഭവം അന്വേഷിക്കണമെന്നും കമ്മീഷന്റെ റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പറയുന്നുണ്ട്.
ഇപ്പോള്‍ സിബിഐ അന്വേഷണത്തിന് കേന്ദ്ര-സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാറുകള്‍ അനുകൂലമായി പ്രതികരിച്ചതോടെയാണ് അന്വേഷണത്തിലേക്ക് എത്തിയത്. കേസിന്റെ എല്ലാ ഫയലുകളും ഉടന്‍ തന്നെ സി.ബി.ഐക്ക് കൈമാറണമെന്നും സി.ബി.ഐക്ക് ആവശ്യമായ എല്ലാ സഹായവും നല്‍കണമെന്നും ഹൈക്കോടതി, സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാറിനോട് ആവശ്യപ്പെട്ടു.