പിണറായി വിജയന്‍ നയിക്കുന്ന സംസ്ഥാന ആഭ്യന്തര വകുപ്പ് പാര്‍ട്ടിയുടെയും എല്‍.ഡി.എഫിന്‍റെയും പ്രഖ്യാപിത നിലപാടുകള്‍ക്കതിരാണെന്ന് ആദ്യം പരാതി പറഞ്ഞത് കണ്ണൂര്‍ ജില്ലാ ഘടകമാണ്. ഓരോരോ പ്രാദേശിക വിഷയങ്ങളിലായി അതൃപ്തി വ്യാപിച്ചു. മാവോയിസ്റ്റ് വേട്ടക്കെതിരെ സി.പി.ഐ സംസ്ഥാന നേതൃത്വം പരസ്യനിലപാട് സ്വീകരിച്ചു. ദേശീയഗാന വിഷയവും എഴുത്തുകാരന്‍റെ അറസ്റ്റും കൂടിയായപ്പോള്‍ വി.എസും പരസ്യമായി കലഹിച്ചു. പാര്‍ട്ടി എക്കാലത്തും തള്ളിപ്പറയുന്ന യു.എ.പി.എ വിഷയത്തില്‍ ആഭ്യന്തര വകുപ്പ്, പാര്‍ട്ടി നിലപാടിനെതിരായപ്പോള്‍ പാര്‍ട്ടിയൊന്നാകെ പിണറായി വിജയനെയും ആഭ്യന്തര വകുപ്പിനെയും ചോദ്യം ചെയ്യുന്നു.
സര്‍ക്കാറിന്റെ പൊലീസ് നയത്തിനും കേരളാ പൊലീസ് ആക്ടിനും വിരുദ്ധമായി പ്രവര്‍ത്തിക്കുന്ന ചില പൊലീസ് ഉദ്ദ്യോഗസ്ഥര്‍ ഇപ്പോഴും കേരളത്തിലുണ്ടെന്നായിരുന്നു സി.പി.എം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്‍ പറഞ്ഞത്. ദില്ലി ജവഹര്‍ലാല്‍ നെഹ്‍റു സര്‍വകലാശാലയിലെ വിദ്യാര്‍ത്ഥികള്‍ക്കെതിരെ ബി.ജെ.പി ദേശീയ നേതൃത്വം സ്വീകരികുന്ന നിലപാടുകള്‍ എല്‍.ഡി.എഫ് ഭരിക്കുന്ന കേരളത്തില്‍ അനുവദിക്കാനാകില്ലെന്ന് പറഞ്ഞ് സി.പി.ഐ ദേശീയ നേതൃത്വവും നിലപാട് കടുപ്പിച്ചു. മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍ ഏകപക്ഷീയമായി പെരുമാറുന്നുവെന്നും പാര്‍ട്ടിയുമായി കാര്യങ്ങള്‍ ചര്‍ച്ച ചെയ്യുന്നില്ലെന്നുമുള്ള വിമര്‍ശനം വ്യാപകമാണ്.യു.ഡി.എഫ്, ബി.ജെ.പി നേതാക്കള്‍ മാത്രമുന്നയിച്ചിരുന്ന വിമര്‍ശനം പാര്‍ട്ടി ദേശീയ നേതാക്കള്‍ കൂടി ഏറ്റുപിടിക്കുമ്പോള്‍ പിണറായി വിജയന്‍റെ സംഘടനാപരവും ഭരണപരവുമായ നേതൃപാടവം കൂടി ചോദ്യം ചെയ്യപ്പെടുകയാണ്.