ധനകാര്യ സെക്രട്ടറിയുടെ റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ നടപടിയെടുക്കാതെ മുഖ്യമന്ത്രി, ജേക്കബ് തോമസിനെ സംരക്ഷിക്കുന്നുവെന്ന ആരോപണമാണ് ഏറെ നാളായി സംസ്ഥാനത്തെ ഐ.എ.എസ് ഉദ്ദ്യോഗസ്ഥരുടെ സംഘടന ഉയര്‍ത്തിയിരുന്നത്. ഇതേ തുടര്‍ന്നാണ് കെ.എം എബ്രഹാമിന്റെ റിപ്പോര്‍ട്ട് മുഖ്യമന്ത്രി ചീഫ് സെക്രട്ടറിക്ക് കൈമാറിയത്. റിപ്പോര്‍ട്ട് പരിശോധിച്ച ശേഷം ഇക്കാര്യത്തില്‍ മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് നടപടിയെടുക്കാമെന്ന കുറിപ്പോടെ ചീഫ് സെക്രട്ടറി, ഫയല്‍ മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് തന്നെ കൈമാറുകയായിരുന്നു. തുടര്‍ന്നാണ് നടപടി സ്വീകരിക്കുന്നതിനെക്കുറിച്ച് പ്രോസിക്യൂഷന്‍ ഡയറക്ടര്‍ ജനറലിന്റെ അഭിപ്രായം മുഖ്യമന്ത്രി തേടിയത്.
തുറമുഖ ഡയറക്ടറായിരിക്കെ ഗുരുതരമായ ക്രമക്കേട് ജേക്കബ് തോമസ് കാണിച്ചുവെന്ന് ധനകാര്യ സെക്രട്ടറിയുടെ റിപ്പോര്‍ട്ട് പറയുന്നു. ആഗോള ടെണ്ടര്‍ ഒഴിവാക്കി ട്രഡ്ജിങ് യന്ത്രം വാങ്ങിയെന്നും ദില്ലിയിലുള്ള ഒരു വ്യക്തിയുമായി ചേര്‍ന്ന് ഇക്കാര്യത്തില്‍ കൃത്രിമം കാണിച്ചുവെന്നും റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പറയുന്നു. റിപ്പോര്‍ട്ട് പ്രോസിക്യൂഷന്‍ ഡയറക്ടര്‍ക്ക് അയക്കുക വഴി, ജേക്കബ് തോമസിനെ ഇതുവരെ സംരക്ഷിച്ചിരുന്ന മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ നിലപാട് മാറ്റമാണെന്നും നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു.