അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് മിസ തടവുകാരനായി 16 മാസമാണ് കോടിയേരി ജയിലില്‍ കഴിഞ്ഞത്. പിന്നീടുള്ള നീണ്ട രാഷ്ട്രീയ ജീവതം ഒരു കമ്മ്യൂണിസ്റ്റുകാരന്‍ എന്ന നിലയില്‍ ജീവിച്ച് കാണിക്കാന്‍ അദ്ദേഹത്തെ പാകപ്പെടുത്തിയത് ഈ ജയില്‍ വാസം ആയിരുന്നു
സ്വന്തം ഗ്രാമത്തിന്‍റെ പേരില്‍ അറിയപ്പെടണം, കല്ലറ തലായി എൽപി സ്കൂൾ അധ്യാപകനായ കുഞ്ഞുണ്ണിക്കുറുപ്പിന്‍റെയും നാരായണി അമ്മയുടെയും മകനായ ബാലകൃഷ്ണന്‍റെ സ്കൂള്‍ തലം മുതല്‍ ആഗ്രഹം അതായിരുന്നു. കോടിയേരി ഓണിയന്‍ ഹൈസ്‌കൂളില്‍ ഒമ്പതാം ക്ലാസില്‍ പഠിക്കുന്ന സമയത്ത് കെഎസ്എഫ് യൂണിറ്റ് രൂപവത്കരിച്ചാണ് ബാലകൃഷ്ണന്‍ രാഷ്ട്രീയ പ്രവര്‍ത്തനം ആരംഭിച്ചത്. ഏഴ് വര്‍ഷം കൊണ്ട് അതേ സംഘടനയുടെ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി ബാലകൃഷ്ണന്‍ മാറി. പിന്നീട് പ്രവര്‍ത്തനം എസ്എഫ്ഐയിലായി. വിദ്യാര്‍ത്ഥി സംഘടനയുടെ രൂപവത്കരണ സമ്മേളനത്തിലടക്കം പങ്കെടുത്തു. 20-ാം വയസില്‍ തന്നെ എസ്എഫ്ഐയുടെ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി. തന്‍റെ പതിനാറാം വയസിലാണ് പാര്‍ട്ടി അംഗമാകുന്നത്. പോരാട്ടങ്ങളുടെ ചരിത്രം അവിടെ തുടങ്ങുകയായിരുന്നു.
പിണറായിക്കൊപ്പം
വിദ്യാര്‍ത്ഥി സംഘടനകളില്‍ പ്രവര്‍ത്തിക്കുമ്പോള്‍ പിണറായി വിജയനായിരുന്നു കോടിയേരിയുടെ ഏറ്റവും വലിയ പ്രചോദനം. അതേ പിണറായിക്കൊപ്പം അടിയന്തരാവസ്ഥ കാലത്ത് കോടിയേരി ജയില്‍ വാസവും അനുഭവിച്ചു. അന്ന് പിണറായിയെ കൂടാതെ എം പി വീരേന്ദ്രകുമാര്‍, കെ പി സഹദേവന്‍ തുടങ്ങിയവരായിരുന്നു മറ്റ് സഹതടവുകാര്‍. അതിന് മുമ്പ് തന്നെ തലശേരിയെ ഞെട്ടിച്ച കലാപക്കാലത്ത് ആരാധനാലയങ്ങള്‍ സംരക്ഷിക്കാനും സമാധാനം നിലനിര്‍ത്തുന്നതിനും വേണ്ടിയിറങ്ങിയ സ്‌ക്വാഡുകളില്‍ കോടിയേരിയും ഉണ്ടായിരുന്നു.
16 മാസം ജയില്‍ വാസം
അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് മിസ തടവുകാരനായി 16 മാസമാണ് കോടിയേരി ജയിലില്‍ കഴിഞ്ഞത്. പിന്നീടുള്ള നീണ്ട രാഷ്ട്രീയ ജീവതം ഒരു കമ്മ്യൂണിസ്റ്റുകാരന്‍ എന്ന നിലയില്‍ ജീവിച്ച് കാണിക്കാന്‍ അദ്ദേഹത്തെ പാകപ്പെടുത്തിയത് ഈ ജയില്‍ വാസം ആയിരുന്നു. അടിയന്തരാവസ്ഥ പ്രഖ്യാപിച്ച ദിവസം തലശേരിയില്‍ കോടിയേരിയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ പ്രതിഷേധപ്രകടനം നടന്നിരുന്നു. ഇതേത്തുടര്‍ന്ന് അറസ്റ്റിലായ കോടിയേരിയെ രണ്ട് ദിവസത്തെ കൊടിയ മര്‍ദ്ദനത്തിന് ശേഷം വിട്ടു. വീണ്ടും രണ്ട് ദിവസം കഴിഞ്ഞാണ് മിസ പ്രകാരം ജയിലിലടച്ചത്.
1990ല്‍ കോടിയേരിയെ തേടി ആ സുപ്രധാന പദവിയെത്തി. കണ്ണൂര്‍ ജില്ലാ സെക്രട്ടറി എന്ന നിലയിലായിരുന്നു പിന്നീടുള്ള അഞ്ച് വര്‍ഷക്കാലം അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ പ്രവര്‍ത്തനം. പാര്‍ട്ടി ഒരുപാട് പ്രശ്നങ്ങള്‍ നേരിടുന്ന കാലത്ത് അതിനെ അതിജീവിക്കുന്നതില്‍ കോടിയേരിയുടെ പങ്ക് വളരെ വലുതായിരുന്നു. ആര്‍എസ്എസ് - സിപിഎം സംഘര്‍ഷങ്ങള്‍ കൊടുമ്പിരി കൊണ്ടതും കൂത്തുപറമ്പ് വെടിവെപ്പും കെ വി സുധീഷിന്‍റെ കൊലപാതകവും നടക്കുന്നത് ഈ കാലത്തായിരുന്നു.
കനല്‍ക്കാലം താണ്ടാന്‍ പാര്‍ട്ടിയെ മുന്നില്‍ നിന്ന് നയിച്ച കോടിയേരി 1995ൽ സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയേറ്റിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. 2002ൽ കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റി അംഗമായ കോടിയേരി 2008ൽ കോയമ്പത്തൂരിൽ നടന്ന പാർട്ടി കോൺഗ്രസിലാണ് പൊളിറ്റ്ബ്യൂറോയിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടത്. 2015 ഫെബ്രുവരിയിൽ നടന്ന ആലപ്പുഴ സമ്മേളനത്തിൽ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പദത്തിലേക്ക് എത്തി.