രണ്ടു കേസുകളില്‍ പ്രതിയായ ടോം ജോസിനെതിരെ നടപടി ആവശ്യപ്പെട്ടാണ് വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ സര്‍ക്കാരിന് റിപ്പോര്‍ട്ട് നല്‍കിയത്. ഇതില്‍ ടോം ജോസിനെതിരായ അനധികൃത സ്വത്തുസമ്പാദനത്തിന്റെ കാര്യത്തിലാണ് തര്‍ക്കം. ടോം ജോസിന്റെ മഹാരാഷ്‌ട്രയിലെ ഭൂമി ഇടപാടും വിജിലന്‍സ് പരിശോധിക്കുന്നുണ്ട്. ഭൂമി ഇടപാട് നേത്തെ ആഭ്യന്തര സെക്രട്ടറി നളിനി നെറ്റോ പരിശോധിച്ചിരുന്നു. ഈ റിപ്പോര്‍ട്ടിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ ടോംജോസിനെ സര്‍ക്കാര്‍ കുറ്റം വിമുക്തനാക്കി. ഈ റിപ്പോര്‍ട്ടു കൂടി പരിശോധിച്ചേ ശേഷമേ സര്‍ക്കാരിലേക്ക് നടപടിക്ക് ശുപാര്‍ശ ചെയ്യൂവെന്ന നിലപാടിലാണ് ചീഫ് സെക്രട്ടറി വിജയാനന്ദ്. 

എന്നാല്‍ താന്‍ നടത്തിയത് പ്രാഥമിക പരിശോധന മാത്രമാണെന്നും അത് വിജിലന്‍സ് അന്വേഷണത്തിന് തടസ്സമല്ലെന്നുമാണ് നളിനി നെറ്റോയുടെ നിലപാട്. മുന്‍ ചീഫ് സെക്രട്ടറിയുടെ നി‍ര്‍ദ്ദേശ പ്രകാരം ഭൂമി വാങ്ങിയതിനെ സാമ്പത്തിക ഇടപാട് മാത്രമാണ് പരിശോധിച്ചതെന്നും മറ്റ് ഇടപാടുകള്‍ പരിശോധിച്ചിട്ടില്ലെന്നും നളിനി നെറ്റോ ചീഫ് സെക്രട്ടറിയും മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ ഓഫീസിനെ അറിയിച്ചു. ക്രിമിനല്‍ കേസിലെ പ്രതിയുടെ പരാതിയുടെ അടിസ്ഥാനത്തിലാണ് കേസെടുത്തതെന്നും തന്റെ ഭാഗം കൂടി കേള്‍ക്കണെമന്നും ആവശ്യപ്പെട്ട് ടോം ജോസും ചീഫ് സെക്രട്ടറിക്ക് കത്തു നല്‍കിയിട്ടുണ്ട്. ഇതോടെ വിജിലന്‍സിനെചൊല്ലി ഐ.എ.എസ് തലപ്പത്തും തര്‍ക്കം മുറവുകയാണ്.