ജേക്കബ് തോമസ് സ്ഥാനം ഒഴിയുന്നത് സംബന്ധിച്ച് എ കെ ജി സെന്ററില്‍ തിരക്കിട്ട ചര്‍ച്ചകളാണ് നടന്നത്. മുന്‍മന്ത്രി ഇ പി ജയരാജനെതിരായ വിജിലന്‍സ് അന്വേഷണം പുരോഗമിക്കുന്നതിനിടയില്‍ ജേക്കബ് തോമസ് മാറുന്നത് പാര്‍ട്ടിക്കും സര്‍ക്കാരിനും മോശം പ്രതിച്ഛായ സൃഷ്‌ടിക്കുമെന്ന വിലയിരുത്തലിലാണ് സി പി ഐ എം നേതൃത്വം. മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍ സി പി ഐ എം ജനറല്‍ സെക്രട്ടറി സീതാറാം യെച്ചൂരി, സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി കോടിയേരി ബാലകൃഷ്‌ണന്‍ എന്നിവര്‍ ഈ വിഷയം ചര്‍ച്ച ചെയ്‌തു. ജേക്കബ് തോമസ് മാറേണ്ടതില്ലെന്ന നിലപാടിലേക്ക് കാര്യങ്ങള്‍ എത്തിയത് ഈ ചര്‍ച്ചകളിലാണ്. ഇക്കാര്യം പിന്നീട് എ കെ ജി സെന്ററില്‍ ഉണ്ടായിരുന്ന സംസ്ഥാന സെക്രട്ടേറിയറ്റ് അംഗങ്ങളുടെ യോഗത്തില്‍ അറിയിക്കുകയായിരുന്നു. വ്യക്തിപരമായ കാരണങ്ങളാല്‍ വിജിലന്‍സ് ഡയറക്‌ടര്‍ സ്ഥാനത്തുനിന്ന് തന്നെ മാറ്റണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് മുഖ്യമന്ത്രിക്കും ആഭ്യന്തര സെക്രട്ടറിക്കും ജേക്കബ് തോമസ് കത്ത് നല്‍കിയത് കഴിഞ്ഞ ദിവസമാണ്.