കാഴ്ചയില്‍ ദുര്‍ബലനും യാചകനുമെന്ന് തോന്നിച്ച ഒറ്റക്കയന്‍ ഗോവിന്ദച്ചാമിക്ക് ഒരു പെണ്‍കുട്ടിയെ ഇത്ര മൃഗീയമായ രീതിയല്‍ കൊലപ്പെടുത്താന്‍ കഴിയുമോ എന്നായിരുന്നു പലരുടേയും സംശയം. വിവാദങ്ങള്‍ തുടങ്ങുന്നതും ഇവിടെ നിന്നു തന്നെയായിരുന്നു. ഇതിന് മറുപടി നല്കിയത് സൗമ്യയെ ചികിത്സിച്ച തൃശൂര്‍ മെഡിക്കല്‍ കോളേജിലെ ഡോ. ഹിതേഷ് ശങ്കറായിരുന്നു. അര്‍ദ്ധബോധാവസ്ഥയിലും തന്നെ ആക്രമിച്ചത് ഒരു ഒറ്റക്കയ്യാനാണെന്ന് ആശുപത്രിയിലേക്ക് പോകും വഴി സൗമ്യ പറഞ്ഞിരുന്നു. ഗോവിന്ദച്ചാമിയെ ആശുപത്രിയിലേക്ക് കൊണ്ടുവന്നപ്പോഴും വിശദമായി പരിശോദിച്ചു. നെഞ്ചിലും പുറത്തും മാന്തിപ്പറിച്ച പാടുകളുണ്ടായിരുന്നു‍. സ്വാധീനമുള്ള വലതു കൈ ശാസ്‌ത്രീമായി തന്നെ പരിശോധിച്ച് ബലം ഉറപ്പുവരുത്തി. ലാബ് ടെക്നീഷ്യന്‍, രക്തസാമ്പിള്‍ ശേഖരിക്കവേ പ്രതിയിലുണ്ടായ ശാരീരിക മാറ്റങ്ങള്‍ ഒരു പെണ്‍കുട്ടിയെ ശാരീരകമായി കീഴപ്പെടുത്താന്‍ തക്ക കഴിവ് പ്രതിക്ക് ഉണ്ടെന്ന് തെളിയിക്കുന്നതായിരുന്നു. ഇതെല്ലാം ഫയിലില്‍ രേഖപ്പെടുത്തിയ ശേഷമായിരുന്നു ഗോവിന്ദച്ചാമി ഡോക്ടര്‍ക്ക് മുന്നില്‍ കുറ്റസമ്മതം നടത്തിയത്. 

ബാഗ് തട്ടിപ്പറിക്കാന്‍ ശ്രമിച്ചപ്പോള്‍ എതിര്‍ത്തതാണ് മോഷണത്തിന് അപ്പുറത്തേക്ക് കാര്യങ്ങല്‍ എത്തിച്ചതെന്നായിരുന്നു മൊഴി. ഒടുവില്‍ ദൃക്‌സാക്ഷികല്‍ ഇല്ലാതിരുന്ന കേസില്‍ ഡോ. ഹിതേഷ് ശങ്കറിന് മുന്നില്‍ നടത്തിയ ഈ എക്‌സാട്രാ ജുഡീഷ്യല്‍ മൊഴി കൂടി കണക്കിലെടുത്താണ് അതിവേഗ കോടതി വധശിക്ഷ വിധിച്ചത്. വിചാരണക്കിടെ ഇതേ ഫോറന്‍സിക് സംഘത്തില്‍പ്പെട്ട ഡോ. ഉന്മേഷ് കൂറുമാറി പ്രതിഭാഗത്തിന് അനുകൂലമായി മൊഴി നല്‍കിയത് ഏവരേയും ഞെട്ടിച്ചു. ഫോറന്‍സിക് വകുപ്പ് മേധാവി ഡോക്ടര്‍ ഷേര്‍ളി വാസുവാണ് പോസ്റ്റമോര്‍ട്ടം റിപ്പോര്‍ട്ട് കോടതിയില്‍ സമര്‍പ്പിച്ചത്. എന്നാല്‍ ഷേര്‍ളി വാസു പോസ്റ്റ്മോര്‍ട്ടത്തില്‍ പങ്കെടുത്തിട്ടില്ലെന്നും താനാണ് പോസ്റ്റമോര്‍ട്ടം നടത്തിയത് എന്നുമായിരുന്നു ഉന്മേഷിന്‍റെ മൊഴി. ഇതോടെ ഉന്മേഷിനെതിരെ കേസെടുത്തു. കേസ് ചോദ്യം ചെയ്ത് ഉന്മേഷ് ഹൈക്കോടതിയിലെത്തിയെങ്കിലും ഫലമുണ്ടായില്ല. ഏറ്റവും ഒടുവില്‍ ഗോവിന്ദച്ചാമി സുപ്രീംകോടതിയില്‍ അപ്പീല്‍ നല്‍കിയപ്പോള്‍ കേസ് അതുവരെ നടത്തിയ പബ്ലിക് പ്രോസിക്യൂട്ടര്‍ സുരേഷിനെ മാറ്റിനിര്‍ത്തിയതും പുതിയ വിവാദത്തിന് തുടക്കമിട്ടു. ഗോവിന്ദച്ചാമി സൗമ്യയെ ട്രെയിനില്‍ നിന്ന് തള്ളിയിട്ടതിന് തെളിവെന്തെന്ന കോടതിയുടെ ചോദ്യമായിരുന്നു ഇതിന് വഴിതെളിയിച്ചത്. പ്രോസിക്യൂഷന്‍വാദം കൃത്യമായി ധരിപ്പിക്കാന്‍ യു.ഡി.എഫ് സര്‍ക്കാരിന്റെ കാലത്ത് നിയോഗിക്കപ്പെട്ട അഡ്വ തോമസ് പി ജോസഫിന് കഴിഞ്ഞില്ലെന്ന ആരോപണം പല കോണുകളില്‍ നിന്നും ഉയര്‍ന്നു.