എന്നാല്‍ പ്രതിപക്ഷം ജേക്കബ്തോമസിന്‍റെ നിലപാടില്‍ ദുരൂഹത സംശയിക്കുന്നു. അതേസമയം വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ സ്ഥാനത്തുനിന്നും മാറണമെന്ന തീരുമാനത്തില്‍ ഉറച്ചുനില്‍ക്കുന്നുവെന്ന് ജേക്കബ് തോമസ് പറഞ്ഞു. സര്‍ക്കാര്‍ തീരുമാനം വരുന്നത് വരെ വിജിലന്‍സ് ആസ്ഥാനത്തെ ജോലികള്‍ തുടരാനാണ് ജേക്കബ് തോമസിന്റെ തീരുമാനം. വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടറെ മാറ്റേണ്ടെന്ന് സര്‍ക്കാര്‍ തീരുമാനിച്ചാലും ജേക്കബ് തോമസിന്റെ നിലപാട് നിര്‍ണായകമാകും.

വിജിലന്‍സ് ഡയ‌റക്‌ടര്‍ സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് ജേക്കബ് തോമസ് മാറേണ്ടെന്ന് അവയ്‌ലബിള്‍ സെക്രട്ടേറിയറ്റ് യോഗത്തിലാണ് സി.പി.ഐ.എം ധാരണയിലെത്തിയത്. ജേക്കബ് തോമസ് സ്ഥാനം ഒഴിയുന്നത് സംബന്ധിച്ച് എ കെ ജി സെന്ററില്‍ തിരക്കിട്ട ചര്‍ച്ചകളാണ് നടന്നത്. മുന്‍മന്ത്രി ഇ പി ജയരാജനെതിരായ വിജിലന്‍സ് അന്വേഷണം പുരോഗമിക്കുന്നതിനിടയില്‍ ജേക്കബ് തോമസ് മാറുന്നത് പാര്‍ട്ടിക്കും സര്‍ക്കാരിനും മോശം പ്രതിച്ഛായ സൃഷ്‌ടിക്കുമെന്ന വിലയിരുത്തലിലാണ് സി.പി.ഐ.എം നേതൃത്വം. 

തനിക്കെതിരായ ധനകാര്യ പരിശോധനവിഭാഗത്തിന്റെ റിപ്പോര്‍‍ട്ടില്‍ പതറില്ലെന്ന പറഞ്ഞ ജേക്കബ് തോമസ് മണിക്കൂറുകള്‍ക്കമാണ് നിലപാട് മാറ്റിയത്. ഡയറക്ടര്‍ സ്ഥാനത്തുനിന്നും മാറ്റണമെന്ന് കത്തു നല്‍കിയ ജേക്കബ് തോമസിന്റെ ഇന്നത്തെ നീക്കങ്ങളും പതിവ് പോലെയായിരുന്നു. ഓഫീസിലെത്തിയ അദ്ദേഹം ഫയലുകള്‍ നോക്കി. സന്ദര്‍ശകരെ അനുവദിച്ചില്ല. ചില ഉദ്യോഗസ്ഥരെമായി ചര്‍ച്ചകള്‍ നടത്തി. വിജിലന്‍സ് അന്വേഷണങ്ങളുടെ പേരില്‍ ഐ.എ.എസ് ഉദ്യോഗസ്ഥരും ഡയറക്ടറും തമ്മില്‍ ശീതയുദ്ധം മുറുകുമ്പോഴാണ് ജേക്കബ് തോമസ് നിലപാട് എടുത്തത്. മാത്രമല്ല നിലാപാട് മാറ്റത്തിനായി ചില സമ്മര്‍ദ്ദങ്ങള്‍ ഉണ്ടായിട്ടുണ്ടെന്ന് ജേക്കബ് തോമസിന്റെ വാക്കുകളും സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ജേക്കബ് തോമസിനന്റെ നിലപാട് മാറ്റത്തെ കുറിച്ച് മുഖ്യമന്ത്രിയുമായി ആഭ്യന്തര സെക്രട്ടറി കൂടിക്കാഴ്ച നടത്തി. ഡയറക്ടര്‍ സ്ഥാനത്തുനിന്നും അദ്ദേഹത്തെ മാറ്റണ്ടതില്ലെന്നാണ് ആഭ്യന്തര സെക്രട്ടറിയുടെ നിലപാട്. തുടരാന്‍ സര്‍ക്കാര്‍ തീരുമാനിച്ചാല്‍ ജേക്കബ് തോമസിന്റെ നിലപാടാകും നിര്‍ണായകമാവുക. ജേക്കബ് തോമസിനെ മുഖ്യമന്ത്രി വിളിച്ചുവരുത്തി ചര്‍ച്ച നടത്താനും സാധ്യതയുണ്ട്. നിലപാടില്‍ ഉറച്ചുനില്‍ക്കുകയാണെങ്കില്‍ ജേക്കബ് തോമസ് അവധിയില്‍ പ്രവേശിച്ചേക്കും.