2003ല്‍ വാജ്പേയ് മന്ത്രിസഭയില്‍ പി.സി തോമസിനെ ഉള്‍പ്പെടുത്തിക്കൊണ്ട് പയറ്റിയ അതേ തന്ത്രമാണ് കണ്ണന്താനത്തിലൂടെ ബി.ജെ.പി വീണ്ടും ആവര്‍ത്തിക്കുന്നത്. കേരളത്തില്‍ ക്രൈസ്തവ സഭകളുമായി അടുക്കുകയെന്ന ദീര്‍ഘകാല ലക്ഷ്യത്തിന്റെ ഭാഗമായാണ് അല്‍ഫോണ്‍സ് കണ്ണന്താനത്തെ ബി.ജെ.പി കേന്ദ്രമന്ത്രിസഭയില്‍ ഉള്‍പ്പെടുത്തിയത്.

2011ല്‍ ഇടത് ബാന്ധവം ഉപേക്ഷിച്ച് അപ്രതീക്ഷിതമായി ബി.ജെ.പിയിലെത്തിയ അല്‍ഫോണ്‍സ് കണ്ണന്താനത്തിന് മികച്ച ഐ.എ.എസ് ഉദ്യോഗസ്ഥനെന്ന പ്രതിഛായക്കൊപ്പം സാമുദായിക ഘടകവും എന്നും ഗുണം ചെയ്തിരുന്നു. കേരളത്തില്‍ ബി.ജെ.പി വളര്‍ച്ച നേടണമെങ്കില്‍ ന്യൂനപക്ഷ സമുദായ പിന്തുണ അനിവാര്യമെന്ന വിലയിരുത്തലുകളുടെ ഭാഗമായാണ് പുതിയ നീക്കം. ക്രൈസ്തവ സഭകളുമായി ഗോവ മാതൃകയിലുള്ള ബന്ധമാണ് ബി.ജെ.പി കേരളത്തിലും ആഗ്രഹിക്കുന്നത്. 2003ല്‍ മാണി ഗ്രൂപ്പ് വിട്ടുവന്ന പി.സി തോമസിനെ കേന്ദ്ര മന്ത്രിയാക്കിയതും ഇതേ നീക്കങ്ങളുടെ ഭാഗമായിരുന്നു. തുടര്‍ന്ന് 2004ല്‍ നടന്ന ലോകസഭ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ എന്‍.ഡി.എ സഥാനാര്‍ത്ഥിയായി മുവാറ്റുപുഴയില്‍ അട്ടിമറി വിജയം നേടാന്‍ പി.സി തോമസിനായെങ്കിലും നേട്ടം നിലനിര്‍ത്താനായില്ല.

ക്രൈസ്തവ സഭകളുമായി അടുത്ത ബന്ധമാണ് അല്‍ഫോണ്‍സ് കണ്ണന്താനത്തിനുള്ളത്. കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാരുമായി നല്ല ബന്ധം വേണമെന്നാഗ്രഹിക്കുന്ന നിരവധി ബിഷപ്പുമാരും സഭകളിലുണ്ട്. ക്രൈസ്തവ സഭകളില്‍ കണ്ണുവെച്ചുള്ള ഈ നീക്കം മധ്യ കേരളത്തിലെങ്കിലും രാഷ്‌ട്രീയ നേട്ടമുണ്ടാക്കുമെന്നാണ് ബി.ജെ.പി ദേശീയ നേതൃത്വത്തിന്റെ പ്രതീക്ഷ.