ജയലളിതയുടെ രണ്ടരമാസത്തെ ആശുപത്രിവാസം സംസ്ഥാനത്തിന് സമ്മാനിച്ച ഭരണപ്രതിസന്ധി ചെറുതല്ല. ചെറിയ ഫയലുകള്‍ മുതല്‍ സുപ്രധാന പദ്ധതികളില്‍ വരെ തീരുമാനമെടുക്കുന്നത് ജയലളിതയിലേയ്‌ക്ക് മാത്രം കേന്ദ്രീകരിച്ചിരുന്ന ഭരണചക്രത്തില്‍, ആയിരക്കണക്കിന് ഫയലുകള്‍ തീരുമാനമാകാതെ കെട്ടിക്കിടന്നു. സംസ്ഥാനത്ത് ഭരണ പ്രതിസന്ധിയാണെന്നും കാവേരി പ്രശ്നം ചൂടുപിടിച്ച സമയത്ത്, സംസ്ഥാനത്തിന്റെ നിലപാട് സുപ്രീം കോടതിയെയും കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാരിനെയും അറിയിയ്‌ക്കാന്‍ ആളില്ലെന്നും പ്രതിപക്ഷമായ ഡി.എം.കെ ആരോപണമുയര്‍ത്തി. ചീഫ് സെക്രട്ടറി പി രമാ മോഹനറാവുവും ജയലളിതയുടെ രാഷ്‌ട്രീയകാര്യ സെക്രട്ടറി ഷീലാ ബാലകൃഷ്ണനും ഇപ്പോഴത്തെ മുഖ്യമന്ത്രി പനീര്‍ശെല്‍വവും മറ്റ് മുതിര്‍ന്ന മന്ത്രിമാരുമാണ് അന്ന് ഭരണകാര്യങ്ങള്‍ കൈകാര്യം ചെയ്തുപോന്നത്. എന്നാല്‍ ജയലളിതയെന്ന ഒറ്റയാളില്‍ നിലനിന്നിരുന്ന പാര്‍ട്ടിയില്‍ അവരില്ലാതായതോടെ സുപ്രധാനകാര്യങ്ങളില്‍ എങ്ങനെ തീരുമാനമെടുക്കുമെന്ന കാര്യത്തില്‍ പ്രതിസന്ധി ദൃശ്യമാണ്. 

ചരക്കുസേവന നികുതി നടപ്പാക്കുന്നത് ഉത്പാദകസംസ്ഥാനമായ തമിഴ്നാടിനെ എങ്ങനെ ബാധിയ്‌ക്കുമെന്നും നഷ്‌ടം വരുന്നതൊഴിവാക്കാന്‍ എന്തെല്ലാം നടപടി വേണമെന്നതും വിശദമായി മന്ത്രിസഭയ്‌ക്ക് ചര്‍ച്ച ചെയ്യേണ്ടി വരും. നോട്ട് അസാധുവാക്കല്‍ നടപടിയും സഹകരണ സംഘങ്ങളെ നോട്ട് കൈമാറ്റത്തില്‍ നിന്നും വായ്പാ വിതരണത്തില്‍ നിന്നും ഒഴിവാക്കിയതും വരള്‍ച്ചയില്‍ വലയുന്ന തമിഴ്നാട്ടിലെ കര്‍ഷകരെ പ്രതിസന്ധിയിലാക്കി. നീറ്റ് പരീക്ഷയില്‍ നിന്ന് ഒഴിവാക്കണമെന്ന തമിഴ്നാടിന്റെ അപേക്ഷ സുപ്രീം കോടതി തള്ളിയതോടെ, വലിയൊരു വിഭാഗം വിദ്യാര്‍ഥികളും ആശങ്കയിലാണ്. വലിയ ചര്‍ച്ചകളാവശ്യമുള്ള ഇത്തരം വിഷയങ്ങളിലെല്ലാം ശശികലയുടെ പങ്കെന്താകുമെന്ന കാര്യവും ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ക്ക് മുന്നിലുയരുന്നുണ്ട്. പനീര്‍ശെല്‍വത്തിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ആദ്യ മന്ത്രിസഭാ യോഗത്തില്‍ ജയലളിതയുടെ മരണത്തില്‍ അനുശോചിച്ച് മന്ത്രിസഭ പ്രമേയം പാസ്സാക്കും. ജയലളിതയുടെ മരണം പ്രഖ്യാപിച്ച് മണിക്കൂറുകള്‍ക്കകം അര്‍ദ്ധ രാത്രിയില്‍ ഒ പനീര്‍ശെല്‍വത്തിന്റെ നേതൃത്വത്തില്‍ 32 അംഗ മന്ത്രിസഭയാണ് സത്യപ്രതിജ്ഞ ചെയ്ത് അധികാരമേറ്റത്.