വര്‍ഗ്ഗീസ് വധം സംബന്ധിച്ച് സര്‍ക്കാര്‍ ഹൈക്കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ സത്യവാങ്മൂലത്തിനെതിരെ സി.പി.എം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്‍. വര്‍ഗ്ഗീസ് വധത്തെപ്പറ്റിയുള്ള പാര്‍ട്ടി കാഴ്ചപ്പാടല്ല അഭിഭാഷകന്‍ സത്യവാങ്മൂലത്തില്‍ നല്‍കിയതെന്ന് കോടിയേരി പറഞ്ഞു. സി.പി.എം സംസ്ഥാനസമിതിയില്‍ ചര്‍ച്ചക്ക് മറുപടി പറയുകയായിരുന്നു കോടിയേരി. യു.ഡി.എഫ് സര്‍ക്കാരിന്റെ കാലത്ത് നിയമിച്ച അഭിഭാഷകനാണ് സത്യവാങ്മൂലം സമര്‍പ്പിച്ചത്. എല്‍.ഡി.എഫ് സ‍ര്‍ക്കാര്‍ വന്നശേഷം ഇദ്ദേഹത്തെ മാറ്റിയിരുന്നില്ല. വര്‍ഗ്ഗീസ് ക്രിമിനലാണെന്നും ഏറ്റുമുട്ടലിലാണ് വര്‍ഗ്ഗീസ് കൊല്ലപ്പെട്ടതെന്നും കാണിച്ച് സംസ്ഥാന സര്‍ക്കാര്‍ നല്‍കിയ സത്യവാങ്മൂലമാണ് വിവാദമായത്.